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葛洪论坛举办生物信息学Seminar专题讲座
文章来源:    发布时间:2018-03-20    【字号:

315日,葛洪论坛成功举办了生物信息学Seminar专题讲座。来自“数学工程与先进计算”国家重点实验室副主任的韩文报教授、中国科学院计算技术研究所的卜东波教授、中国科学院北京生命科学研究院的赵方庆研究员和中国科学院水生生物研究所李涛研究员,四位专家应邀作了学术报告。报告会由刘翟研究员主持。

首先,专题讲座在赵方庆研究员主讲的“复杂微生物组精准解析的新技术和新方法 ”下拉开序幕。他针对目前广泛使用的高通量测序技术的限制,缺乏参考序列的海量混合测序片段进行拼接和组装——微生物组学研究面临的这一首要问题,系统介绍了自主开发的多种微生物组学研究的新技术和新方法,包括:RiboFR-seqmetaSortinGAP-sfinGAP-CDGC RIPSR-network等。这些工具分别针对微生物组分析中的拼接、序列归类和注释,以及微生物间相互作用等问题,为高效解读微生物组提供了全新的技术手段。

随后,李涛研究员以“藻类基因组学与宏基因组学的研究”为题做了报告。他通过整合的宏基因组学方法,针对来自水华环境样品中微囊藻及其附生菌的微群落展开研究,具体分析其物种多样性、群落成分与结构、功能组成、代谢通路与网络构建等方面,探讨藻菌之间互利关系以及藻菌各自的特性,以深入理解水华的暴发与维持机制。同时针对不同湖泊来源以及不同形态种微囊藻为优势种的群落间进行比较宏基因组学分析,揭示湖泊环境与藻种形态对微群落特性的影响与塑造作用。

韩文报教授做了题为“Smart-VSC高效能计算平台”的报告。据其介绍,目前通用的CPU+GPU超算架构具有高功耗、低稳定性的不足。针对这一国际难题,VSC超算平台首创ARM+FPGA大规模集群体系机构,轻量级并行软件栈等多项技术,提供超低功耗、高集成度、高性能、超大规模并行计算的新型超算平台,在相同计算能力下,其能耗费用是超算“天河二号”的百分之一,“太湖之光”的十分之一。VSC超算平台是拥有完全自主产权的高性能计算平台,居世界领先水平。下一步将重点拓展精准医疗领域的基因比对、变异点分析、结构变异等应用。

最后,卜东波教授在题为“基于多级质谱技术与‘智能选峰’策略的糖结构自动化鉴定方法”的报告中,提出了一种“智能选峰”策略GIPS,采用统计模型计算每个峰的“结构鉴别能力”,选择结构鉴别能力最强的峰作为母离子。对高甘露糖、复合型、杂合型等多个纯品样本,只需三级质谱皆可正确鉴定;对单克隆抗体mAb以及糖蛋白RNaseB分离出的混合糖样本、以及人血清中的实际样本也可准确鉴定。GIPS软件现使用Web方式提供计算服务(http://glycan.ict.ac.cn)

会后,在场师生与四位专家展开了热烈交流和讨论。刘翟研究员代表病毒所为专家分别颁发了“葛洪论坛”纪念章。本次生物信息学Seminar专题讲座的成功举办,为各方交流科研进展,开展相关领域合作研究提供了良好平台。

 

                      

专家简介:

赵方庆,中国科学院北京生命科学研究院研究员。围绕“计算基因学”研究方向,建立了一系列原创性的生物信息学算法和工具,并在环形非编码RNA和微生物组领域取得重要进展。

李涛,中国科学院水生生物研究所藻类基因组学研究员,学科组组长。从事藻类基因组学与宏基因组学的研究工作,在藻类基因组学与转录组学、湖泊宏基因组学、水生植物多组学研究以及湖泊生态的重建与恢复等研究领域取得一系列成果。

韩文报,数学工程与先进计算国家重点实验室副主任,国防科技大学和上海交通大学兼职教授,为国务院政府特殊津贴获得者,国家信息安全战略研究组成员。

卜东波,中国科学院计算技术研究所研究院。主要研究兴趣包括算法设计与分析、生物信息学,包括蛋白质结构预测、基因组序列拼接算法,以及基于质谱技术的糖结构鉴定技术。