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武汉病毒研究所的科技目标是面向国家农业可持续发展、人口健康和国家安全的战略需求，面向病毒学研究领域的国际前沿，以医学病毒和农业病毒（微生物）为主要研究领域，以病毒学基础研究、生物安全研究平台、病毒资源保藏、病原微生物分析生物技术为优势和特色，在我国病毒学基础研究、新生和重要病毒病的防御、病毒学高级人才培养中发挥核心和引领作用。
随着知识创新工程的深入推进，研究所的科研和创新能力得到明显的提升。在申请并承担国家科研任务方面取得了突破性的进展，2008年我所共有在研项目236项，其中国家“973”项目14项，国家“863”项目13项，科技支撑计划3项；国家自然科学基金项目35项，国际合作项目15项；共发表SCI学术论文85篇（其中Top 15%以上28篇），比2007年增加60.4%。截止到目前，我所共有科技成果230项，获奖成果92项（其中国家级奖励13项、中国科学院奖24项、省部委级奖37项）；申请专利145件，获得得授权专利83项。
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