肝炎病毒分析生物学及基因治疗学科组（组长：陈新文）
主要开展型乙肝炎病毒（HBV）和丙型肝炎病毒(HCV)的分子生物学、病毒与宿主（细胞）相互作用等方面的研究，探讨病毒致病的分子机理，发展新的诊断及治疗方法/策略。同时开展杆状病毒 发展具有自主知识产权杆状病毒载体系统并用于重要疾病的基因治疗。
抗病毒药物学科组（组长：陈绪林）
主要研究丙型肝炎病毒的基因组RNA复制机制，卡波氏肉瘤相关人类疱疹病毒的DNA复制机制。建立针对人类免疫缺陷病毒、肝炎病毒、禽流感病毒、疱疹病毒等不同靶位点的药物筛选模型，从不同来源（中草药、海洋药物、微生物代谢产物、人工合成的小分子等）的化合物库中筛选高效低毒的抗病毒药物。药物的抗病毒药效学评价及抗病毒机理研究。
流感病毒学科组（组长：陈则）
主要研究方向是流感病毒基因工程疫苗及DNA疫苗研究；利用反向遗传学技术研究流感病毒新一代疫苗；人类和禽类流感病毒感染及跨种属传播的分子机制。主要包括监测家禽及野生鸟类群体中流感病毒的分布及进化规律；利用反向遗传学技术和酵母双杂交技术研究流感病毒与宿主的相互作用分子机理。
水生生物病毒学科组（组长：方勤）
以水生生物病毒－草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV)为研究模型，进行包括人类、哺乳动物、水生动物、植物、昆虫的dsRNA病毒的基因组与衣壳蛋白的结构与功能比较研究，探讨dsRNA病毒内源性转录复制机理以及病毒外衣壳蛋白在侵染过程中与宿主细胞的相互作用。
HIV分子生物学学科组（组长：胡勤学）
以艾滋病毒为主要研究对象，从分子、细胞和黏膜水平研究病毒与寄主细胞相互作用的分子机制，并研究和寻找能抑制病毒侵入和传播的分子途经。研究内容包括病毒包膜蛋白与受体的相互作用，病毒与树突状细胞、巨噬细胞的相互作用，病毒黏膜感染机制，病毒在寄主体内的进化、适应及致病等。设计、筛选能阻断病毒侵入和传播的分子药物。
分子病毒学及生物工程技术学科组（组长：胡志红）
主要研究方向是病毒感染及病毒与宿主相互作用的分子机理；同时利用生物工程平台技术进行外源基因表达及抗病毒药物筛选等。近年研究的主要内容为杆状病毒感染的分子机理；病毒膜融合蛋白与受体相互作用的分子机理；新疆出血热病毒的分子生物学；病毒基因工程技术等。
病毒RNA结构与功能学科组（组长：胡康洪）
本学科组从事乙肝病毒、丁肝病毒和类病毒的分子生物学研究，主要集中在HBV基因组学、cccDNA的形成、病毒DNA反转录合成、基因的转录与调控、持续感染与肝纤维化和致癌机理的分子生物学。主要围绕病毒RNA结构与功能关系在复制中的意义开展调查，为寻找新颖的药物靶标提供理论依据。利用基因封闭技术为慢性乙型肝炎提供治疗策略，涉及的方法有：反义寡核苷酸、反义RNA、小分子RNA干扰技术、核酶技术和诱饵技术等。
新发病毒学学科组（组长：石正丽）
以新发病毒及其感染机理为主要研究方向。主要是新发病毒（动物和人）病原学研究，包括病毒的分离、鉴定、早期诊断技术的建立和基因组研究；动物源传染性病毒分子流行病学和跨物种感染的分子机理（如SARS样冠状病毒、尼巴病毒等）。
病毒工程技术研究中心（组长：王华林）
中国科学院武汉病毒研究所病毒疾病工程技术研究中心暨湖北省病毒疾病工程技术研究中心以中国科学院武汉病毒研究所病毒学国家重点实验室为依托，整合武汉大学、武汉生物制品研究所和湖北省丽益医药科技有限公司等，于2003年12月共同组建而成。中心主要针对危重病毒病原开发新的疫苗、筛选抗病毒新药物、研制高效快速的诊断新试剂和方法，以及病毒生物制剂的生产工艺过程的研制及优化，同时对国内外科研机构、医院以及企业提供生物技术产品和服务。
人畜共患病学科组（组长：王汉中）
以人畜共患病病毒病原为主要研究方向，通过对几种重要的人畜共患病病毒病原的研究，揭示这些重要的人畜共患病毒病原的分子进化和分子流行病学规律；病毒致病和病毒跨物种传播的分子机理；病毒感染与宿主免疫系统的相互关系，同时开展新生病毒的鉴定以及相关病毒疫苗和诊断试剂的研发。目前承担有国家重大专项，国家973，863，支撑计划，国家自然科学学基金和中国科学院知识创新项目。
粘膜免疫学科组（组长：鄢慧民）
粘膜免疫抗病毒机制及其应用。研究内容主要以麻疹病毒、艾滋病病毒、SARS冠状病毒等为研究对象，研究IgA抗体在粘膜免疫防御中的抗病毒功能及其应用，包括IgA单克隆抗体和粘膜疫苗的抗病毒免疫预防和治疗；粘膜疫苗、粘膜佐剂与粘膜上皮细胞的相互作用及粘膜免疫效应研究等。
HIV分子流行病学及分子病毒学学科组（组长：杨荣阁）
通过开展HIV基因突变、基因重组以及基因溯源等工作，揭示HIV基因变异、亚型变化以及基因进化规律。应用HIV耐药基因突变的基因型分析、表型实验以及HIV酶动力学研究方法，阐明HIV耐药形成机制。在完善HIV及HCV细胞复制实验体系基础上，研究HIV/HCV共感染中病毒间相互调控作用机制以及相关免疫应答机制。在细胞和动物水平进行药物抗病毒机理及抗HIV药物筛选研究，以及HIV检测新技术研发等基础应用性研究工作。
病毒生物化学学科组（组长：肖庚富）
以乙型肝炎病毒（3.2kb闭环不完全双链DNA病毒）、巨细胞病毒(230kb线型双链DNA病毒)、乙型脑炎病毒（11kb单股正链RNA）为模式病毒，用蛋白质生物化学、结构生物学等技术，研究病毒蛋白-宿主蛋白、病毒蛋白-病毒蛋白、病毒蛋白-病毒核酸之间的相互作用介导病毒入侵宿主细胞和病毒颗粒组装的分子机制。在此基础上，结合生物信息学、组合化学新方法，发展多肽或小分子抗病毒新药。
研究人朊病毒疾病（如克雅病、家族失眠症）和神经退变疾病（帕金森症等）的基因突变、蛋白折叠与质量控制。
黄病毒感染与防治学科组（组长：张波）
以西尼罗病毒，日本脑炎病毒，登革热病毒为模型，重点研究黄病毒感染，复制以及致病的分子生物机制。筛选抗黄病毒药物以及疫苗的研制工作。
分子病毒学及病毒免疫学科组（组长：郑春福）
主要从事病毒（疱疹病毒、HIV和HCV等）分子生物学以及病毒免疫学的研究。具体研究内容包括病毒跨核膜机制，病毒蛋白核质穿梭机制，病毒蛋白与核孔复合体（NPC）相互作用，病毒与宿主细胞相互作用，抗病毒疫苗的研制，新的诊断及治疗方法的探索，以及病毒免疫逃避和致病机理的研究。 |
